Keio 3, Hinomoto, Eito. Bakumatsu dönemi Japonya’yı kargaşaya sürüklerken, genç Kuu Bashin, Standart Savaş Ruhları sayesinde daha güçlü olmayı hayal eder. Şogunluk karşıtı güçler tarafından takip edilen, gezgin bir samuray ve korkutucu bir Ebedi Savaşçı olan Ajara Zetsu ile karşılaştığında dünyası değişir. Standart ve Ebedi Savaş dünyaları çarpıştıkça, Kuu, Zetsu’nun yolculuğuna dahil olur ve tarihi harekete geçirir.